В учебнике моем (Кацман, Ульянова "Латинский язык. Учебник для лицеев и гимназий") было такое правило:


однако, слушая ваш аудиокурс латинского языка, натыкалась на то, что С читалось перед е как К, хотя выше написано, что она должна читаться в таком случае как Ц. например amicus certus (я слышала амикус кертус).
другой мой учебник вообще советовал Caesar читать как К'айсар.

кому верить? я теряюсь

позволю себе себя же и процитировать:
http://linguaeterna.com/ru/enchir/lec1.php
Есть школьное и классическое произношение. оба в равной степени условны. Классическое считается более правильным, но, поскольку ни одного живого носителя языка от I века до новой эры не осталось, то оба можно подвергать сомнению.

спорить не смею) спасибо за разъяснение

В чем, собственно, проблема с латинским произношением в частности и языков в целом, дела в том, что на латынь смотрят, как на что-то застывшее и неподвижное. То есть, почему-то считается, что вот как латынь возникла, так она и не менялась тысячелетиями. На самом деле, первые литературные тексты -это конец III- начало II века до новой эры (комедии и т.п.) по особенностям своего языка очень близки к романским языкам (наследникам латыни). Именно на этой латыни (вульгарной) и говорили римляне. Классический литературный латинский (с появлением грамматик, например Варрона) это уже I век до новой эры (От Цицерона до Овидия). Вот этот язык обычно и считают латинским в узком школьном смысле слова. Заметим, что вульгарная латныь сосуществовала с литературной. Но латинский развивался и дальше. Первые пять веков новой эры изменялось произношение, грамматика, значения слов. В каждом веке это уже был несколько иной язык (как литературный, так и вульгаарный). С распадом империи вульгарная латынь порождает сначала диалекты (VI-VIII века), а затем и романские языки. Параллельно с ними существует и продолжает изменяться письменная латынь (под влиянием той области, в которой ею пользуются). И только в эпоху Возрождения Петрарка обращается к классическлй латыни Цицерона, как к идеальному источнику. С этого момента письменная латынь уже костенеет и не меняется. Так вот вопрос, читая автора, скажем I века новой эры (например, Петрония), надо произносить по классическим образцам или согласно тем законам, которые уже дейсвтовали в языке в I веке н.э. То же самое и для поздней античности и Средневековья. Т.е., произношение латыни вещь очень условная, и считать, что какой-то вариант классичен, какой-то не очень можно, но аккуратно и только в пределах хронологических. Так, к примеру [tsi, tse] - нормальное произношение уже для I-II веков новой эры.

Всё правильно. Только некоторые небольшие уточнения. Диалекты сосуществовали на территории самой Италии с самого начала параллельно с литературным языком. На это указывают работы А.В. Широковой. Но пока существовала империя, как и в самой Италии, так в провинциях  ориентировались на литературный язык, после распада империи в провинциях изменения стали происходить быстрее, так как почти в каждом государственном образовании латинский язык  имел некоторые свои собственные особенности. Общих норм произношения в средние века не было. 
Это правильно,  но только для северной части Римской империи. На территории южной Италии и на востоке Империи никогда  Сc не произносилось перед e как [ts]. Южноиталийское произношение сейчас сохраняется в Католической норме произношения латинского языка, об этом свидетельствует и румынский язык. 
Вы правильно отмечаете что Но всегда следует отличать два критерия - как хронологический, так и территориальный - никогда латинское произношение в Лузитании не было таким же, как в Дакии. 

"Но всегда следует отличать два критерия - как хронологический, так и территориальный - никогда латинское произношение в Лузитании не было таким же, как в Дакии.  "

Совершенно с вами согласен. Т.е., территориальные расхождения (протодиалекты) еще более усложняют этот вопрос.

подскажите пожалуйста, как будет правильнее называть Цицерона и Цезаря: К'икеро или Ц'ицеро; К'айсар или Ц'езар?

оба варианта в равной степени правильные, поскольку оба в равной степени условны

Чаще всего употребляется один из трёх вариантов произношения:

• классический - восстановленное произношение классической латыни I века до н. э. - начала I века н. э., т.е., произношение, свойственное образованным людям Рима времён поздней республики
• традиционный - гимназистское (академическое) произношение – т.е. то произношение, которому обучали в гимназиях и которое используются в медицине и биологии
• католический («итальянизированное» церковное произношение)  – официально принятое католической церковью (можно услышать и в зарубежных фильмах).

Предлагаю Вашему вниманию сравнительную таблицу всех трёх вариантов произношения. Обычно транскрибирую (если это нужно для каких-то целей) при помощи знаков МФА. Транскрипцию кириллицей почти не использую. В моих записях – это шрифт Lucida Sans Unicode
В латинском тексте отмечены все долгие гласные. В транскрипции знак ударения стоит перед ударным слогом. . В классическом произношении знак : обозначает долготу гласного.

	буква		классическое		традиционное		католическое	примечания
ae	quaerere	ai	'quairere	ɛ:	'quɛrere	ɛ	'quɛrere
	aegrōtus		aig'ro:tus		ɛg'rotus		ɛg'rotus
	aes		ais		ɛs		ɛs
	aeque		aikuɛ:		ɛkuɛ		ɛkuɛ
oe	moenia	ɔe	'mɔenia	ɶ:>ę:	'mɶnia	ɶ>ę	'mɶnia	нем. zwölf
	poena	ɔe	pɔena	ɶ:	pɶna	ɶ	pɶna
c	caput	k	kaput	k	kaput	k	kaput
	cēra	k	kę:ra	ʦ	ʦęra	ʧ	ʧęra	перед e, i, y, ae, eu, oe
	cīvis	k	ki:vis	ʦ	ʦivis	ʧ	ʧivis
	Cyprus		kyprus	ʦ	ʦiprus	ʧ	ʧiprus
sc	scelus	sk	skelus	sʦ	sʦelus	ʃ	ʃelus
	scīre		ski:re	sʦ	sʦire	ʃ	ʃire
	scaena		skaina	sʦ	sʦęna	ʃ	ʃęna
g	gutta	g	guta	g	guta	g	guta
	rēgīna	g	rɛ:gi:na	g	rɛgina	ʤ	rɛʤina	перед e, i, y, ae, eu, oe
	gēns	g	gɛ:ns	g	gɛns	ʤ	ʤɛns
s	silva	s	silva	s	silva	s	silva
	ūniversus		u:ni'versus		uni'versus		uni'versus
	classis		klasis		klasis		klasis
	causa		kausa	z	kauza	z	kauza	между гласными
	asinus	s	'asinus	s	'azinus	s	'azinus
gn	rēgnum	gn	rɛ:gnum	gn	rɛgnum	ɲ	rɛɲum
h	hōra	h	ho:ra	h	hora		ora
ti-	nātiō	ti-	'na:tio:	ʦi-	'naʦio	ʦi-	'naʦio	перед гласным
	bestia		'bestia	ti-	'bestia	ti-	'bestia	после s, x, t
	mixtiō		'mikstio:		'mikstio		'mikstio
	Miltiadēs		mil'ti:ade:s		mil'tiades		mil'tiades	в греч. словах
	totīus		to:'ti:us		to'tius		to'tius
ch	chorus	kh	khorus	x	xorus	k	korus
	schola		skhola	sx	sxola	sk	skola
ph	physicus	ph	'physicus	f	'fysicus	f	'fysicus
th	theātrum	th	the'a:trum	t	te'atrum	t	te'atrum

Все три произношения немного условны и имеют одинаковое право на употребление. Главное, не мешать их вместе. Видел один учебник, где дано классическое произношение согласных, но произношение дифтонгов дано в соответствии с традиционным вариантом. Это недопустимо.
Есть мнение, что лучше всего начинать с классического произношения. Выучив  хорошо классическое произношение,  позже легко можно усвоить и традиционное. Освоение классического произношения после изучения традиционного  вызывает больше сложностей. 

интересно, что в католическом варианте есть звук

• для сочетания ch, тогда как в литературном итальянском это сочетание произносится как [k], chilo [kilo], например